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TandemTools 长串联重复比对工具
论文地址TandemMapperSelection of k-mersTandemMapper使用稀少的k-mer,即出现次数小于组装长度除以100kb的值。因为如果使用唯一的k-mer,它的密度可能会变化的特别明显,会导致某些区域的覆盖率下降或者不正确的映射。但由于长串联重复的组装可能会出错,一些
2022-11-17
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minimap and minimap2 原理介绍
Minimap and miniasm: fast mapping and de novo assembly for noisy long sequences 符号定义∑=A,C,G,T\sum = {A,C,G,T}∑=A,C,G,T 为核苷酸的字符表。对于 a∈∑a \in \suma∈∑,a‾
2022-08-02
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Hinge assemble 安装
文章http://genome.cshlp.org/content/27/5/747.full.pdf+html?sid=39918b0d-7a7d-4a12-b720-9238834902fd克隆git clone https://github.com/fxia22/HINGE.gitgit su
2022-05-16
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HINGE: long-read assembly achieves optimal repeat resolution
pipelineA:输入是长的高错误率的read,smrt(sms)B:过滤掉一些长度低于固定值的被标记为chimeric的readC:对repeat进行标记,通过能比对到这个read上的read数量的快速增加或者减少来确定。增加或减少存在于同一个read上的这种标记为 brideged repea
2022-03-19
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DAGCON
git clone https://github.com/PacificBiosciences/pbdagcon.gitcd pbdagcon修改 makefile中25行, cd blasr_libcpp; NOHDF=1 NOPBBAM=1 python2.7 configure.py查看自己
2021-09-15
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